حدد القانون الإجراءات القانونية للطعن على الأحكام الصادرة من المحاكم العسكرية، حيث يحق للمحكوم عليه اتخاذ عدة خطوات لمراجعة الحكم قبل أن يصبح نهائيًا.
ويجوز للمحكوم عليه تقديم تظلم من الحكم فور صدوره، ويستمر حق التظلم من تاريخ صدور الحكم وحتى قبل التصديق عليه، إذ لا يرتبط التصديق بموعد محدد وقد يتم خلال فترة قصيرة أو يستغرق وقتًا أطول.
ويُقدم التظلم باسم المفوض بالتصديق على الحكم، ويتم تسليمه إلى أمين سر الدائرة التي أصدرت الحكم في حال لم يكن ملف القضية قد أُرسل بعد إلى جهة التصديق، أما إذا كان الملف قد أُرسل بالفعل، فيتم تقديم التظلم إلى المنطقة العسكرية المركزية بالعباسية.
وبعد صدور الحكم، يُعرض على المفوض للتصديق عليه، والذي يملك عدة صلاحيات تشمل التصديق على الحكم كما هو، أو تعديله، أو إلغاؤه وإعادة المحاكمة مرة أخرى.
كما يحق للمحكوم عليه الطعن بالنقض على الأحكام العسكرية، وذلك خلال مدة 60 يومًا، إلا أن هذه المدة لا تبدأ من تاريخ صدور الحكم كما في القضاء العادي، وإنما تبدأ من تاريخ إعلان الحكم المصدق عليه للمتهم داخل محبسه.
وتُعد أحكام المحاكم العسكرية غير نهائية قبل التصديق عليها، لذلك لا يبدأ ميعاد الطعن بالنقض إلا بعد التصديق وإعلان الحكم للمحكوم عليه رسميًا.
وفي بعض الحالات، يمكن تقديم التماس إعادة النظر، إلا أنه لا يعد من طرق الطعن المعتادة، بل يرتبط بوجود أسباب محددة، مثل ظهور أدلة جديدة لم تكن معروضة أثناء المحاكمة.